Les guerres de religions
Autre temps, autre conflit, les guerres de religions entre les protestants et les catholiques lors de la deuxième moitié du XVIème siècle ont, elles aussi, marqué l'histoire de Beauvoir sur Mer.Deux fois le château fut assiégé au cours des troisième et huitième guerres de religion. En raison de sa position stratégique par rapport aux îles de Bouin, de Noirmoutier et d'Yeu, la ville était considérée comme une place forte.
Le premier siège se déroula fin 1569. Après avoir débloqué les places de Poitiers et de Châtellerault, assiégées par les huguenots, le comte de Sanzay du camp catholique, alors détaché de l'armée du roi, s'avança plus profondément en Bas-Poitou et assiégea le château de Beauvoir sur Mer, alors aux mains des protestants, que défendait René II de Rohan, seigneur de Pontivy.
Mais l'événement le plus important en ce qui concerne les guerres de religions à Beauvoir est sans aucun doute le second siège de son château-fort, qui se déroula en 1588, et qui fut exécuté par Henri, roi de Navarre, et futur Henri IV.